! ! Breast Ca pedigrees from Hall et al Science 1990; 250: 1684-9 ! Linkage to marker D17S74 close to BRCA1 ! Hand entered by Patrick Ward ! ! Genehunter results ! ! Ped NPL_Sco P-value BRCA1 mutation (Friedman et al Nat Genet 1994; ! --- ------- ------- -------------- 8: 399-404) ! 1 4.69503 0.02344 * 2800 AA del ! 2 0.78350 0.09375 * 4184 TCAA del ! 3 0.81510 0.18750 * 2415 AG del ! 4 3.97181 0.00781 * 300 TGT->GGT ! 5 1.39391 0.04639 | ! 6 3.00888 0.06250 | regarded as linked families ! 7 1.88940 0.06250 | ! 8 0.81650 0.43750 ! 9 0.59330 0.07812 ! 10 0.17207 0.25000 ! 11 -0.63672 0.81250 ! 12 1.41421 0.25000 ! 13 0.34746 0.25781 ! 14 0.60283 0.20312 * (unsure if same pedigree) 3238 AGC->AAC ! 15 -0.14884 0.43750 ! 16 1.41421 0.25000 ! 17 0.77460 0.25000 ! 18 -0.27920 0.40625 ! 19 0.24057 0.21680 ! 20 -0.55051 0.80078 ! 21 1.34164 0.25000 ! 22 -0.35468 0.54883 ! 23 0.11280 0.43750 ! -------------------- ! Tot 4.67445 0.00054 ! -------------------- ! ! FAMILY ID1 ID2 IBD P0 P1 P2 IBD2 ! 18 11 3 0.427 0.45774 0.54226 0.00000 0.271130 ! 18 11 7 0.050 0.53002 0.46998 0.00000 0.234990 ! 18 12 9 0.377 0.45334 0.54666 0.00000 0.273330 ! 20 17 16 0.184 0.20203 0.79797 0.00000 0.398985 ! 20 17 3 0.229 0.16715 0.83285 0.00000 0.416425 ! 20 22 16 0.189 0.19744 0.80256 0.00000 0.401280 ! 20 22 3 0.230 0.16324 0.83676 0.00000 0.418380 ! 20 6 3 0.320 0.13246 0.86598 0.00155 0.434540 ! 20 9 3 0.305 0.13355 0.86645 0.00000 0.433225 ! inc macros.in set locus trait aff . breast cancer set locus D17S74 mar read pedigree inline 1 1 0 0 f x x x 1 2 0 0 m x x x 1 3 2 1 f n 4 4 1 4 2 1 m x 5 8 1 5 0 0 f n 2 3 1 6 2 1 f y x x 1 7 2 1 f y 4 5 1 8 2 1 f y 5 8 1 9 0 0 m x 6 7 1 10 2 1 f n 4 4 1 11 4 5 f y 2 5 1 12 0 0 m x 1 8 1 13 4 5 f y 2 5 1 14 4 5 f n 3 8 1 15 4 5 f n 3 8 1 16 9 8 f y 5 6 1 17 9 8 f n 8 6 1 18 12 11 f y 1 5 2 1 0 0 f y x x 2 2 0 0 m x x x 2 3 2 1 m x 2 4 2 4 0 0 f n 1 5 2 5 2 1 f y 2 1 2 6 2 1 f y 2 4 2 7 3 4 f y 2 1 2 8 3 4 f y 2 5 2 9 3 4 f n 4 5 3 1 0 0 m x x x 3 2 0 0 f y x x 3 3 1 2 f y x x 3 4 1 2 m x 1 5 3 5 0 0 f n 1 4 3 6 4 5 f n 1 5 3 7 4 5 f y 1 1 3 8 4 5 f y 1 1 3 9 0 0 m x 2 3 3 10 9 8 f y 1 3 4 1 0 0 f x x x 4 2 0 0 m x x x 4 3 2 1 f y 2 5 4 4 2 1 f n 2 3 4 5 2 1 f y 2 5 4 6 0 0 m x 3 4 4 7 2 1 f n 1 3 4 8 2 1 f y x x 4 9 2 1 f y x x 4 10 2 1 f y 2 5 4 11 0 0 m x 3 5 4 12 2 1 f y 2 5 4 13 6 5 f n 2 4 4 14 6 5 f y 3 5 4 15 6 5 f n 4 5 4 16 11 10 f y 3 5 4 17 11 10 f n 5 5 5 1 0 0 f x x x 5 2 0 0 m x x x 5 3 2 1 f y 2 3 5 4 2 1 f n 3 5 5 5 0 0 m x 2 3 5 6 2 1 f y x x 5 7 2 1 f n 3 5 5 8 0 0 m x 4 7 5 9 2 1 f n 2 3 5 10 2 1 f y x x 5 11 0 0 m x 4 6 5 12 2 1 f n x x 5 13 0 0 m x 4 5 5 14 2 1 f y 2 3 5 15 5 4 f n 3 3 5 16 5 4 f n 3 3 5 17 5 4 m x 2 3 5 18 0 0 f n 4 4 5 19 5 4 f n 3 5 5 20 8 7 f y 3 4 5 21 11 10 f y 3 6 5 22 13 12 f y 2 4 5 23 17 18 f y 3 4 5 24 17 18 f n 2 4 6 1 0 0 f x x x 6 2 0 0 m x x x 6 3 2 1 f y x x 6 4 0 0 m x 1 5 6 5 2 1 m x 1 4 6 6 2 1 f n 1 6 6 7 4 3 f y 3 5 6 8 4 3 f y 1 3 6 9 4 3 f y 1 3 6 10 4 3 f y x x 6 11 0 0 m x 2 2 6 12 11 10 f y 2 3 6 13 11 10 f n 2 5 7 1 0 0 f x x x 7 2 0 0 m x x x 7 3 2 1 f y 2 4 7 4 0 0 m x x x 7 5 2 1 f n 3 4 7 6 2 1 f y 2 4 7 7 0 0 m x 1 3 7 8 4 3 f y x x 7 9 4 3 f y 2 3 7 10 4 3 f y 2 3 7 11 4 3 f n 2 3 7 12 4 3 f y 2 4 7 13 7 6 f n 1 4 7 14 7 6 f y 2 3 8 6 0 0 m x x x 8 7 0 0 f x x x 8 1 6 7 f n 2 4 8 2 6 7 f n 3 4 8 3 6 7 f y 2 1 8 4 6 7 f y 2 4 8 5 6 7 f y 2 4 9 1 0 0 f y x x 9 2 0 0 m x x x 9 3 2 1 f y x x 9 4 0 0 m x 1 2 9 5 2 1 f y x x 9 6 2 1 f y x x 9 7 0 0 m x x x 9 8 2 1 f y x x 9 9 2 1 f n 4 6 9 10 0 0 m x 3 7 9 11 2 1 f y x x 9 12 0 0 m x 2 5 9 13 4 3 f y 4 2 9 14 0 0 m x 3 8 9 15 7 6 f n 4 5 9 16 7 6 f y 5 1 9 17 7 6 f n 4 5 9 18 7 6 f n 5 5 9 19 7 6 f y 1 4 9 20 7 6 f y x x 9 21 10 9 f n 6 3 9 22 10 9 f y 4 7 9 23 10 9 f n 4 7 9 24 12 11 f y 4 2 9 25 14 13 f n 4 8 9 26 14 13 f n 2 3 9 27 14 13 f y 4 3 10 1 0 0 m x 3 4 10 2 0 0 f y 1 2 10 3 1 2 f y 1 4 10 4 1 2 f n 2 3 10 5 0 0 m x 4 5 10 6 1 2 f y 1 4 10 7 1 2 f y 1 4 10 8 1 2 f n 1 3 10 9 5 4 f y 3 5 10 10 5 4 f n 2 5 10 11 5 4 f n 2 5 10 12 5 4 f n 3 4 10 13 5 4 f n 3 5 11 15 0 0 m x x x 11 16 0 0 f x x x 11 1 15 16 f y x x 11 2 0 0 m x x x 11 3 15 16 f y x x 11 4 0 0 m x x x 11 5 15 16 f n 1 6 11 6 15 16 m x 5 6 11 7 0 0 f y 2 4 11 8 2 1 f n 7 7 11 9 2 1 f y 7 7 11 10 2 1 f y x x 11 11 4 3 f y 1 3 11 12 6 7 f y 5 4 11 13 6 7 f y 2 5 11 14 6 7 f n 6 4 12 7 0 0 f x x x 12 8 0 0 m x x x 12 1 8 7 f y x x 12 2 8 7 f y x x 12 3 8 7 f y 1 4 12 4 8 7 f y 1 4 12 5 8 7 f n 1 4 12 6 8 7 f n 2 3 13 1 0 0 f x x x 13 2 0 0 m x x x 13 3 2 1 f y 3 4 13 4 0 0 m x 4 5 13 5 2 1 f n 1 2 13 6 2 1 f y 2 3 13 7 2 1 f y 3 4 13 8 4 3 f y 3 5 13 9 4 3 f y x x 13 10 4 3 f y 3 4 13 11 0 0 m x 7 8 13 12 11 10 f y 4 8 13 13 11 10 f n 4 7 13 14 11 10 f n 3 8 14 1 0 0 m x x x 14 2 0 0 f y x x 14 3 1 2 f y 2 3 14 4 1 2 f n 1 4 14 5 1 2 f y 2 3 14 6 1 2 m x 2 3 14 7 0 0 f y 4 4 14 8 1 2 f y 3 4 14 9 1 2 f y 3 4 14 10 6 7 f y 2 4 14 11 6 7 f n 2 4 14 12 6 7 f n 3 4 15 1 0 0 m x x x 15 2 0 0 f x x x 15 3 1 2 f y 2 4 15 4 0 0 m x 3 4 15 5 1 2 m x 4 6 15 6 0 0 f n 1 5 15 7 4 3 f n 2 4 15 8 4 3 f n 2 3 15 9 4 3 f y 3 4 15 10 5 6 f y 5 6 15 11 5 6 f y 4 5 16 1 0 0 m x x x 16 2 0 0 f x x x 16 3 1 2 m x x x 16 4 0 0 f n x x 16 5 1 2 m x x x 16 6 0 0 f n x x 16 7 3 4 m x 8 10 16 8 3 4 m x 5 10 16 9 0 0 f n 7 11 16 10 3 4 m x x x 16 11 3 4 f y x x 16 12 5 6 m x 4 6 16 13 8 9 f y 5 7 16 14 8 9 f y 5 7 16 15 8 9 f n 10 11 17 1 0 0 m x x x 17 2 0 0 f y x x 17 3 1 2 f n 4 5 17 4 1 2 f y 1 3 17 5 1 2 f n 1 4 17 6 1 2 f n 4 5 17 7 1 2 f y 1 4 17 8 1 2 f y 1 3 18 1 0 0 f y x x 18 2 0 0 m x x x 18 3 2 1 f y x x 18 4 0 0 m x x x 18 5 2 1 m x x x 18 6 0 0 f n x x 18 7 2 1 m x 7 9 18 8 0 0 f n 5 12 18 9 4 3 f y 1 11 18 10 4 3 f n 6 11 18 11 5 6 f y 7 11 18 12 5 6 m x 6 11 18 13 7 8 f y 9 5 19 1 0 0 f x x x 19 2 0 0 m x x x 19 3 2 1 m x 1 2 19 4 0 0 f n 3 5 19 5 2 1 f y 2 4 19 6 2 1 m x 2 4 19 7 0 0 f n 2 6 19 8 3 4 m x 2 5 19 9 0 0 f n 8 8 19 10 3 4 f y x x 19 11 3 4 f y 2 3 19 12 3 4 f y 2 5 19 13 3 4 f n 1 5 19 14 0 0 m x 3 7 19 15 3 4 f n 2 3 19 16 6 7 f y x x 19 17 6 7 f n 4 6 19 18 6 7 f n 2 2 19 19 6 7 m x 4 2 19 20 6 7 f n 2 6 19 21 8 9 f y 5 8 19 22 8 9 f n 5 8 19 23 8 9 f y 2 8 19 24 8 9 f n 5 8 19 25 14 13 f y 5 3 19 26 14 13 f n 5 7 20 1 0 0 f x x x 20 2 0 0 m x x x 20 3 2 1 f y x x 20 4 0 0 m x x x 20 5 2 1 f y x x 20 6 2 1 m x x x 20 7 0 0 f n x x 20 8 2 1 f y x x 20 9 2 1 m x x x 20 10 0 0 f n x x 20 11 2 1 f y x x 20 12 2 1 m x x x 20 13 0 0 f n x x 20 14 2 1 f y x x 20 15 4 3 f y 1 3 20 16 4 3 f n 1 6 20 17 6 7 f y 5 6 20 18 6 7 m x 2 5 20 19 6 7 m x 2 5 20 20 9 10 f y 2 5 20 21 9 10 f n 2 4 20 22 9 10 m x 4 6 20 23 12 13 m x 2 4 20 24 0 0 f n 2 3 20 25 12 13 f n 2 4 20 26 12 13 f y 2 4 20 27 23 24 f n 2 3 20 28 23 24 f y 2 4 21 1 0 0 m x 1 3 21 2 0 0 f y 1 2 21 3 1 2 f n 1 1 21 4 1 2 f n 1 3 21 5 1 2 f y 2 3 21 6 1 2 f y 2 3 22 1 13 14 f y x x 22 2 0 0 m x x x 22 3 13 14 f y 4 5 22 4 0 0 m x 4 5 22 5 13 14 f y 2 4 22 6 0 0 m x 1 3 22 7 2 1 f n 3 6 22 8 2 1 f y 5 7 22 9 2 1 f y 5 7 22 10 4 3 f y 4 4 22 11 4 3 f y 5 5 22 12 6 5 f y 2 3 22 13 0 0 m x x x 22 14 0 0 f x x x 23 1 0 0 m x x x 23 2 0 0 f x x x 23 3 1 2 f y x x 23 4 1 2 f n 1 3 23 5 1 2 f y 1 3 23 6 1 2 f y 1 2 23 7 1 2 f y 1 2 ! end-of-peds ;;;; run