# # Generalized linear mixed model fit using AGQ # Formula: y ~ trt + I(week > 2) + (1 | ID) # Data: bacteria # Family: binomial(logit link) # AIC BIC logLik deviance # 203.7942 224.1560 -95.8971 191.7942 # Random effects: # Groups Name Variance Std.Dev. # ID (Intercept) 1.7011 1.3043 # # of obs: 220, groups: ID, 50 # # Estimated scale (compare to 1) 0.9141994 # # Fixed effects: # Estimate Std. Error z value Pr(>|z|) # (Intercept) 3.57899 0.65884 5.4323 5.564e-08 *** # trtdrug -1.36891 0.81841 -1.6727 0.0943950 . # trtdrug+ -0.78906 0.82009 -0.9622 0.3359662 # I(week > 2)TRUE -1.62686 0.45527 -3.5734 0.0003523 *** # set loc hemophilus aff set loc antibiotic aff set loc highdose aff set loc week qua set loc lodrug aff set loc hidrug aff read pedigree inline # ID hemophilus antibiotic highdose week lodrug hidrug hemophilus 1 fX01 mX01 x y n y 0 n n hemophilus 2 fX01 mX01 x y n y 2 n n hemophilus 3 fX01 mX01 x y n y 4 n n hemophilus 4 fX01 mX01 x y n y 11 n n hemophilus 5 fX02 mX02 x y y y 0 y y hemophilus 6 fX02 mX02 x y y y 2 y y hemophilus 7 fX02 mX02 x n y y 6 y y hemophilus 8 fX02 mX02 x y y y 11 y y hemophilus 9 fX03 mX03 x y y n 0 y n hemophilus 10 fX03 mX03 x y y n 2 y n hemophilus 11 fX03 mX03 x y y n 4 y n hemophilus 12 fX03 mX03 x y y n 6 y n hemophilus 13 fX03 mX03 x y y n 11 y n hemophilus 14 fX04 mX04 x y n n 0 n n hemophilus 15 fX04 mX04 x y n n 2 n n hemophilus 16 fX04 mX04 x y n n 4 n n hemophilus 17 fX04 mX04 x y n n 6 n n hemophilus 18 fX04 mX04 x y n n 11 n n hemophilus 19 fX05 mX05 x y n n 0 n n hemophilus 20 fX05 mX05 x y n n 2 n n hemophilus 21 fX05 mX05 x y n n 4 n n hemophilus 22 fX05 mX05 x y n n 6 n n hemophilus 23 fX05 mX05 x y n n 11 n n hemophilus 24 fX06 mX06 x y y n 0 y n hemophilus 25 fX06 mX06 x y y n 2 y n hemophilus 26 fX06 mX06 x y y n 4 y n hemophilus 27 fX06 mX06 x y y n 11 y n hemophilus 28 fX07 mX07 x y y y 0 y y hemophilus 29 fX07 mX07 x n y y 2 y y hemophilus 30 fX07 mX07 x n y y 4 y y hemophilus 31 fX07 mX07 x n y y 6 y y hemophilus 32 fX07 mX07 x y y y 11 y y hemophilus 33 fX08 mX08 x n n y 0 n n hemophilus 34 fX08 mX08 x y n y 2 n n hemophilus 35 fX08 mX08 x y n y 4 n n hemophilus 36 fX08 mX08 x y n y 6 n n hemophilus 37 fX08 mX08 x y n y 11 n n hemophilus 38 fX09 mX09 x y n n 0 n n hemophilus 39 fX09 mX09 x y n n 2 n n hemophilus 40 fX09 mX09 x y n n 4 n n hemophilus 41 fX09 mX09 x y n n 6 n n hemophilus 42 fX09 mX09 x y n n 11 n n hemophilus 43 fX10 mX10 x y y y 0 y y hemophilus 44 fX10 mX10 x y y y 6 y y hemophilus 45 fX11 mX11 x y n y 0 n n hemophilus 46 fX11 mX11 x y n y 2 n n hemophilus 47 fX11 mX11 x y n y 4 n n hemophilus 48 fX11 mX11 x y n y 6 n n hemophilus 49 fX11 mX11 x y n y 11 n n hemophilus 50 fX12 mX12 x y y n 0 y n hemophilus 51 fX12 mX12 x n y n 2 y n hemophilus 52 fX12 mX12 x n y n 4 y n hemophilus 53 fX12 mX12 x y y n 6 y n hemophilus 54 fX12 mX12 x y y n 11 y n hemophilus 55 fX13 mX13 x y n y 0 n n hemophilus 56 fX13 mX13 x y n y 2 n n hemophilus 57 fX13 mX13 x y n y 4 n n hemophilus 58 fX13 mX13 x y n y 6 n n hemophilus 59 fX13 mX13 x y n y 11 n n hemophilus 60 fX14 mX14 x y n n 0 n n hemophilus 61 fX14 mX14 x y n n 2 n n hemophilus 62 fX14 mX14 x n n n 4 n n hemophilus 63 fX15 mX15 x y y n 0 y n hemophilus 64 fX15 mX15 x y y n 2 y n hemophilus 65 fX15 mX15 x y y n 4 y n hemophilus 66 fX15 mX15 x y y n 6 y n hemophilus 67 fX15 mX15 x y y n 11 y n hemophilus 68 fX16 mX16 x y y y 0 y y hemophilus 69 fX16 mX16 x y y y 2 y y hemophilus 70 fX16 mX16 x n y y 4 y y hemophilus 71 fX16 mX16 x y y y 6 y y hemophilus 72 fX16 mX16 x y y y 11 y y hemophilus 73 fX17 mX17 x y n y 0 n n hemophilus 74 fX17 mX17 x y n y 2 n n hemophilus 75 fX17 mX17 x y n y 4 n n hemophilus 76 fX17 mX17 x n n y 6 n n hemophilus 77 fX17 mX17 x y n y 11 n n hemophilus 78 fX18 mX18 x y y n 0 y n hemophilus 79 fX18 mX18 x y y n 2 y n hemophilus 80 fX18 mX18 x n y n 4 y n hemophilus 81 fX18 mX18 x n y n 6 y n hemophilus 82 fX18 mX18 x n y n 11 y n hemophilus 83 fX19 mX19 x y n n 0 n n hemophilus 84 fX19 mX19 x y n n 2 n n hemophilus 85 fX19 mX19 x n n n 4 n n hemophilus 86 fX19 mX19 x y n n 6 n n hemophilus 87 fX19 mX19 x n n n 11 n n hemophilus 88 fX20 mX20 x y y y 0 y y hemophilus 89 fX20 mX20 x y y y 2 y y hemophilus 90 fX20 mX20 x y y y 4 y y hemophilus 91 fX20 mX20 x y y y 11 y y hemophilus 92 fX21 mX21 x y n y 0 n n hemophilus 93 fX21 mX21 x y n y 2 n n hemophilus 94 fX21 mX21 x y n y 4 n n hemophilus 95 fX21 mX21 x y n y 6 n n hemophilus 96 fX21 mX21 x y n y 11 n n hemophilus 97 fY01 mY01 x y n y 0 n n hemophilus 98 fY01 mY01 x y n y 2 n n hemophilus 99 fY01 mY01 x y n y 4 n n hemophilus 100 fY01 mY01 x y n y 6 n n hemophilus 101 fY01 mY01 x y n y 11 n n hemophilus 102 fY02 mY02 x n n n 0 n n hemophilus 103 fY02 mY02 x y n n 2 n n hemophilus 104 fY02 mY02 x n n n 4 n n hemophilus 105 fY02 mY02 x y n n 6 n n hemophilus 106 fY02 mY02 x n n n 11 n n hemophilus 107 fY03 mY03 x y y y 0 y y hemophilus 108 fY03 mY03 x y y y 2 y y hemophilus 109 fY03 mY03 x y y y 4 y y hemophilus 110 fY03 mY03 x n y y 6 y y hemophilus 111 fY03 mY03 x n y y 11 y y hemophilus 112 fY04 mY04 x n y n 0 y n hemophilus 113 fY04 mY04 x y y n 2 y n hemophilus 114 fY04 mY04 x n y n 4 y n hemophilus 115 fY04 mY04 x n y n 11 y n hemophilus 116 fY05 mY05 x y n y 0 n n hemophilus 117 fY05 mY05 x n n y 2 n n hemophilus 118 fY05 mY05 x n n y 11 n n hemophilus 119 fY06 mY06 x y n n 0 n n hemophilus 120 fY06 mY06 x y n n 2 n n hemophilus 121 fY06 mY06 x y n n 6 n n hemophilus 122 fY06 mY06 x y n n 11 n n hemophilus 123 fY07 mY07 x y y n 0 y n hemophilus 124 fY07 mY07 x y y n 2 y n hemophilus 125 fY07 mY07 x y y n 4 y n hemophilus 126 fY07 mY07 x n y n 6 y n hemophilus 127 fY07 mY07 x n y n 11 y n hemophilus 128 fY08 mY08 x y y y 0 y y hemophilus 129 fY08 mY08 x y y y 4 y y hemophilus 130 fY08 mY08 x y y y 6 y y hemophilus 131 fY08 mY08 x n y y 11 y y hemophilus 132 fY09 mY09 x y n n 0 n n hemophilus 133 fY09 mY09 x y n n 4 n n hemophilus 134 fY09 mY09 x y n n 6 n n hemophilus 135 fY09 mY09 x y n n 11 n n hemophilus 136 fY10 mY10 x y y n 0 y n hemophilus 137 fY10 mY10 x y y n 2 y n hemophilus 138 fY10 mY10 x n y n 4 y n hemophilus 139 fY10 mY10 x y y n 6 y n hemophilus 140 fY10 mY10 x y y n 11 y n hemophilus 141 fY11 mY11 x y n y 0 n n hemophilus 142 fY11 mY11 x y n y 2 n n hemophilus 143 fY11 mY11 x y n y 4 n n hemophilus 144 fY11 mY11 x y n y 6 n n hemophilus 145 fY11 mY11 x y n y 11 n n hemophilus 146 fY12 mY12 x y y y 0 y y hemophilus 147 fY12 mY12 x y y y 4 y y hemophilus 148 fY13 mY13 x y y n 0 y n hemophilus 149 fY13 mY13 x n y n 2 y n hemophilus 150 fY13 mY13 x n y n 4 y n hemophilus 151 fY13 mY13 x n y n 6 y n hemophilus 152 fY14 mY14 x y n y 0 n n hemophilus 153 fY14 mY14 x y n y 2 n n hemophilus 154 fY14 mY14 x y n y 11 n n hemophilus 155 fZ01 mZ01 x y y n 0 y n hemophilus 156 fZ01 mZ01 x y y n 2 y n hemophilus 157 fZ01 mZ01 x y y n 11 y n hemophilus 158 fZ02 mZ02 x y n y 0 n n hemophilus 159 fZ02 mZ02 x y n y 2 n n hemophilus 160 fZ02 mZ02 x y n y 4 n n hemophilus 161 fZ02 mZ02 x y n y 6 n n hemophilus 162 fZ02 mZ02 x y n y 11 n n hemophilus 163 fZ03 mZ03 x y y y 0 y y hemophilus 164 fZ03 mZ03 x y y y 2 y y hemophilus 165 fZ03 mZ03 x y y y 4 y y hemophilus 166 fZ03 mZ03 x y y y 6 y y hemophilus 167 fZ03 mZ03 x y y y 11 y y hemophilus 168 fZ05 mZ05 x y n y 0 n n hemophilus 169 fZ05 mZ05 x y n y 2 n n hemophilus 170 fZ05 mZ05 x n n y 4 n n hemophilus 171 fZ05 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hemophilus 197 fZ14 mZ14 x y y y 6 y y hemophilus 198 fZ14 mZ14 x n y y 11 y y hemophilus 199 fZ15 mZ15 x y y n 0 y n hemophilus 200 fZ15 mZ15 x y y n 4 y n hemophilus 201 fZ15 mZ15 x y y n 6 y n hemophilus 202 fZ19 mZ19 x y y y 0 y y hemophilus 203 fZ19 mZ19 x y y y 2 y y hemophilus 204 fZ19 mZ19 x y y y 4 y y hemophilus 205 fZ19 mZ19 x y y y 6 y y hemophilus 206 fZ19 mZ19 x y y y 11 y y hemophilus 207 fZ20 mZ20 x y y n 0 y n hemophilus 208 fZ20 mZ20 x y y n 2 y n hemophilus 209 fZ20 mZ20 x n y n 6 y n hemophilus 210 fZ20 mZ20 x n y n 11 y n hemophilus 211 fZ24 mZ24 x y y y 0 y y hemophilus 212 fZ24 mZ24 x y y y 2 y y hemophilus 213 fZ24 mZ24 x y y y 4 y y hemophilus 214 fZ24 mZ24 x n y y 6 y y hemophilus 215 fZ24 mZ24 x n y y 11 y y hemophilus 216 fZ26 mZ26 x y y y 0 y y hemophilus 217 fZ26 mZ26 x y y y 2 y y hemophilus 218 fZ26 mZ26 x y y y 4 y y hemophilus 219 fZ26 mZ26 x n y y 6 y y hemophilus 220 fZ26 mZ26 x y y y 11 y y ;;;; run set loc wk2 aff wk2=(week>2) regress hemophilus = lodrug hidrug wk2 # set burn 2000 # set iter 20000 # set tun 0.7 # set iter 500 set iter 2000 set chains 4 fpm hemophilus link logit nqtl 0 vs var 20 cov lodrug + hidrug + wk2