#
# African-American families and linkage to autoimmune hemolytic anemia and SLE
# 
# Sawalha et al Genetic linkage of systemic lupus erythematosus with
# chromosome 11q14 (SLEH1) in African-American families stratified by a
# nucleolar antinuclear antibody pattern.  Genes Immun 2002 Oct;3 Suppl
# 1:S31-4
#
# linkage to D11S2002: Dominant model (Penetrance 0.95 M, 0.99 F)
# Family 1      2     3     4      5     6      7     8     9
# Lod    -0.007 1.724 0.124 -0.021 0.772 0.931  0.543 0.136 0.192    
# Family 10     11    12    13     14    15     16
# Lod    -0.736 0.033 0.652 0.150  0.052 -0.046 0.004
#
set loc sle aff
set loc aiha aff
set loc proband aff
set loc D11S2002 marker
read ped inline
1  101 x   x   m x x n x x 
1  102 x   x   f x x n x x 
1  201 x   x   m n n n 5 6 
1  202 101 102 f n n n 6 8 
1  203 x   x   m n n n 4 6 
1  204 101 102 f n n n 4 8 
1  301 201 202 m y y n 5 6 
1  302 203 204 f y n n 6 8 
2  101 x   x   m x x n x x 
2  102 x   x   f n n n 6 7 
2  201 101 102 f n n n 5 6 
2  202 101 102 m n n n 5 7 
2  203 x   x   m x x n x x 
2  204 101 102 f y n n 1 7 
2  205 101 102 f n n n 5 6 
2  206 x   x   m x x n x x 
2  207 101 102 f y n n 1 6 
2  301 203 204 f y n n 1 5 
2  302 203 204 f y n n 1 4 
2  303 203 204 f n n n 4 7 
2  304 206 207 f y n n 1 5 
3  101 x   x   m x x n x x 
3  102 x   x   f x x n 6 6 
3  103 x   x   m x x n x x 
3  201 101 102 f y n n 4 6 
3  202 103 102 f y n n 6 7 
3  203 103 102 f n n n 6 6 
4  101 x   x   m x x n x x 
4  102 x   x   f x x n x x 
4  103 x   x   m x x n x x 
4  104 x   x   f n n n 5 7 
4  201 103 104 m x x n x x 
4  202 101 102 f n n n 5 5 
4  203 103 104 f y y n 5 5 
4  204 x   x   m x x n x x 
4  205 103 104 f n n n 4 7 
4  301 201 202 f y n n 5 5 
4  302 201 202 m n n n 5 5 
4  303 201 202 f y y n 5 5 
4  304 204 205 f y n n 6 7 
4  305 204 205 f n n n 4 6 
5  101 x   x   m x x n x x 
5  102 x   x   f n n n 4 5 
5  201 101 102 f n n n 5 5 
5  202 101 102 m y n n 5 6 
5  203 101 102 f y y n 5 6 
5  204 101 102 f n n n 4 5 
6  101 x   x   m x x n x x 
6  102 x   x   f x x n x x 
6  103 x   x   m x x n x x 
6  104 x   x   f y x n x x 
6  201 101 102 f n n n 5 6 
6  202 x   x   m n n n 4 5 
6  203 101 102 f n n n 6 6 
6  204 101 102 f n n n 6 6 
6  205 101 102 m n n n 5 6 
6  206 103 104 m x x x x x 
6  207 101 102 f n n n 4 5 
6  301 x   x   m x x n x x 
6  302 202 203 f y n n 5 6 
6  303 x   x   m x x n x x 
6  304 202 203 f y n n 5 6 
6  305 206 207 f n n n 5 5 
6  306 206 207 f y n n 4 5 
6  307 206 207 f n n n 5 5 
6  401 301 302 f y n n 4 5 
6  402 303 302 f n n n 6 7 
7  101 x   x   m x x n x x 
7  102 x   x   f n n n 5 5 
7  201 101 102 f y y n 4 5 
7  202 101 102 f y n n 4 5 
7  203 101 102 f n y n 4 5 
7  204 101 102 f n n n 5 5 
8  101 x   x   m x x n x x 
8  102 x   x   f x x n x x 
8  201 101 102 m n n n 3 7 
8  202 x   x   f n n n 5 6 
8  203 101 102 m n n n 3 6 
8  204 x   x   f x x n x x 
8  301 201 202 f y y y 3 5 
8  302 203 204 f y n n 3 6 
9  101 x   x   m x x n x x 
9  102 x   x   f x x n x x 
9  201 x   x   m x x n x x 
9  202 101 102 f n n n x x 
9  203 x   x   m n n n 4 5 
9  301 201 202 m n n n 4 5 
9  302 203 202 m n n n 5 7 
9  303 203 202 m n n n 4 5 
9  304 203 202 f y n n 5 5 
9  305 203 202 f y y y 5 5 
10 101 x   x   m n n n 5 6 
10 102 x   x   f n n n 5 6 
10 201 101 102 f y n y 5 5 
10 202 101 102 f y y n 6 6 
11 101 x   x   m x x n x x 
11 102 x   x   f x x n x x 
11 201 x   x   m x x n x x 
11 202 101 102 f x x n x x 
11 203 101 102 m x x n x x 
11 204 x   x   f n n n 3 6 
11 301 201 202 f y y n 4 5 
11 302 203 204 f y y y 4 6 
12 101 x   x   m x x n x x 
12 102 x   x   f n n n 6 6 
12 201 101 102 m n n n 6 6 
12 202 101 102 f y y y 4 6 
12 203 101 102 f n n n 6 6 
12 204 101 102 f y n n 4 6 
13 101 x   x   m x x n x x 
13 102 x   x   f x x n x x 
13 201 101 102 m x x n x x 
13 202 x   x   f y n n x x 
13 203 101 102 m x x n x x 
13 204 x   x   f x x n x x 
13 301 201 202 f y n n 4 6 
13 302 x   x   m x x n x x 
13 303 203 204 f n n n 4 6 
13 401 302 303 f y y y 6 7 
14 101 x   x   m x x n x x 
14 102 x   x   f x x n x x 
14 103 x   x   m x x n x x 
14 201 101 102 f y y y 5 5 
14 202 103 102 f y y n 3 5 
15 101 x   x   m x x n x x 
15 102 x   x   f x x n x x 
15 103 x   x   m x x n x x 
15 201 101 102 m n n n 3 4 
15 202 x   x   f x x n x x 
15 203 x   x   m x x n x x 
15 204 103 102 f x x n x x 
15 301 201 202 f y y y 4 6 
15 302 203 204 f y n y 4 6 
16 101 x   x   m x x n x x 
16 102 x   x   f x x n x x 
16 201 x   x   m x x n x x 
16 202 101 102 f n n n 3 6 
16 203 x   x   m x x n x x 
16 204 101 102 m n n n 3 3 
16 205 x   x   f x x n x x 
16 301 x   x   m x x n x x 
16 302 201 202 f n n n x x 
16 303 203 202 f y n y 3 6 
16 304 x   x   m x x n x x 
16 305 204 205 f y n n 3 3 
16 401 301 302 f y n n 6 6 
16 402 304 305 f y y y 3 4 
;;;;
run
tab sle aiha
des
gener
asp sle
apm sle ibd