! ! This file contains the data from the Diabetic Retinopathy ! Study used for a sample data analysis in: ! ! Title: Modeling Clustered, Discrete or Grouped-Time ! Survival Data with Covariates ! Authors: Eric Ross and Dirk Moore (Biometrics) ! These data were provided by Dr. William Huster ! and have been analysed by numerous authors. ! Initial publication: ! Huster WJ, Brookmeyer R, Self SG (1989). Modelling paired survival data ! with covariates. Biometrics 45: 145-156. ! ! Huster et al 1989 Glidden al Sib-pair coxph ! parametric Cox-gamma frailty Weibull-normal normal frailty ! treatment -0.43 (0.22) -0.42 0.533 (0.246) -0.500 (0.225) ! diabetes type 0.37 (0.20) 0.35 -0.448 (0.287) 0.399 (0.245) ! interaction -0.84 (0.35) -0.82 1.064 (0.383) -0.966 (0.361) ! frailty SD - 1.01 1.084 (0.263) 0.913 ! ! Cai et al 2002 Zeng et al (2006) ! Prop Odds model Prop Odds model ! treatment -0.46 (0.30) -0.659 (0.295) ! diabetes type 0.74 (0.38) 0.496 (0.345) ! interaction -1.41 (0.54) -1.234 (0.466) ! frailty SD 1.00 [fixed] 1.296 (0.251) ! ! pedigree = individual ! id 1 = treated eye ! id 2 = untreated eye ! set loc type2 aff . type of diabetes 1=early onset 2=late onset set loc treatment aff . Treated by photocoagulation set loc time qua . Time followed up set loc visualloss aff . visual acuity < 5/200 in that eye read pedigree inline 5 1 x x x 2 y 46.23 n 5 2 x x x 2 n 46.23 n 14 1 x x x 1 y 42.5 n 14 2 x x x 1 n 31.3 y 16 1 x x x 1 y 42.27 n 16 2 x x x 1 n 42.27 n 25 1 x x x 1 y 20.6 n 25 2 x x x 1 n 20.6 n 29 1 x x x 1 y 38.77 n 29 2 x x x 1 n 0.3 y 46 1 x x x 1 y 65.23 n 46 2 x x x 1 n 54.27 y 49 1 x x x 1 y 63.5 n 49 2 x x x 1 n 10.8 y 56 1 x x x 1 y 23.17 n 56 2 x x x 1 n 23.17 n 61 1 x x x 1 y 1.47 n 61 2 x x x 1 n 1.47 n 71 1 x x x 2 y 58.07 n 71 2 x x x 2 n 13.83 y 100 1 x x x 2 y 46.43 y 100 2 x x x 2 n 48.53 n 112 1 x x x 2 y 44.4 n 112 2 x x x 2 n 7.9 y 120 1 x x x 2 y 39.57 n 120 2 x x x 2 n 39.57 n 127 1 x x x 2 y 30.83 y 127 2 x x x 2 n 38.57 y 133 1 x x x 2 y 66.27 n 133 2 x x x 2 n 14.1 y 150 1 x x x 1 y 20.17 y 150 2 x x x 1 n 6.9 y 167 1 x x x 2 y 58.43 n 167 2 x x x 2 n 41.4 y 176 1 x x x 1 y 58.2 n 176 2 x x x 1 n 58.2 n 185 1 x x x 2 y 57.43 n 185 2 x x x 2 n 57.43 n 190 1 x x x 1 y 56.03 n 190 2 x x x 1 n 56.03 n 202 1 x x x 1 y 67.53 n 202 2 x x x 1 n 67.53 n 214 1 x x x 2 y 61.4 n 214 2 x x x 2 n 0.6 y 220 1 x x x 1 y 10.27 y 220 2 x x x 1 n 1.63 y 243 1 x x x 1 y 66.2 n 243 2 x x x 1 n 66.2 n 255 1 x x x 1 y 5.67 y 255 2 x x x 1 n 13.83 y 264 1 x x x 1 y 58.83 n 264 2 x x x 1 n 29.97 y 266 1 x x x 2 y 60.27 n 266 2 x x x 2 n 26.37 y 284 1 x x x 2 y 5.77 y 284 2 x x x 2 n 1.33 y 295 1 x x x 1 y 5.9 y 295 2 x x x 1 n 35.53 y 300 1 x x x 2 y 25.63 y 300 2 x x x 2 n 21.9 y 302 1 x x x 1 y 33.9 y 302 2 x x x 1 n 14.8 y 315 1 x x x 1 y 1.73 y 315 2 x x x 1 n 6.2 y 324 1 x x x 2 y 46.9 n 324 2 x x x 2 n 22 y 328 1 x x x 1 y 31.13 n 328 2 x x x 1 n 31.13 n 335 1 x x x 1 y 30.2 y 335 2 x x x 1 n 22 y 342 1 x x x 1 y 70.9 n 342 2 x x x 1 n 70.9 n 349 1 x x x 2 y 25.8 y 349 2 x x x 2 n 13.87 y 357 1 x x x 2 y 5.73 y 357 2 x x x 2 n 48.3 y 368 1 x x x 1 y 53.43 n 368 2 x x x 1 n 53.43 n 385 1 x x x 1 y 1.9 y 385 2 x x x 1 n 51.1 n 396 1 x x x 2 y 9.9 y 396 2 x x x 2 n 9.9 y 405 1 x x x 1 y 34.2 n 405 2 x x x 1 n 34.2 n 409 1 x x x 2 y 46.73 n 409 2 x x x 2 n 2.67 y 419 1 x x x 2 y 18.73 n 419 2 x x x 2 n 13.83 y 429 1 x x x 2 y 32.03 n 429 2 x x x 2 n 4.27 y 433 1 x x x 2 y 69.87 n 433 2 x x x 2 n 13.9 y 445 1 x x x 1 y 66.8 n 445 2 x x x 1 n 66.8 n 454 1 x x x 1 y 64.73 n 454 2 x x x 1 n 64.73 n 468 1 x x x 1 y 1.7 y 468 2 x x x 1 n 1.7 y 480 1 x x x 1 y 1.77 y 480 2 x x x 1 n 43.03 y 485 1 x x x 1 y 29.03 n 485 2 x x x 1 n 29.03 n 491 1 x x x 2 y 56.57 n 491 2 x x x 2 n 56.57 n 503 1 x x x 2 y 8.3 y 503 2 x x x 2 n 8.3 y 515 1 x x x 2 y 21.57 n 515 2 x x x 2 n 18.43 y 522 1 x x x 1 y 31.57 n 522 2 x x x 1 n 31.57 n 538 1 x x x 2 y 31.63 n 538 2 x x x 2 n 31.63 y 547 1 x x x 2 y 39.77 n 547 2 x x x 2 n 39.77 n 550 1 x x x 1 y 18.7 y 550 2 x x x 1 n 6.53 y 554 1 x x x 1 y 18.9 n 554 2 x x x 1 n 18.9 n 557 1 x x x 1 y 56.8 n 557 2 x x x 1 n 22.23 y 561 1 x x x 1 y 55.6 n 561 2 x x x 1 n 14 y 568 1 x x x 1 y 42.17 y 568 2 x x x 1 n 42.17 y 572 1 x x x 1 y 10.7 n 572 2 x x x 1 n 5.33 y 576 1 x x x 1 y 66.33 n 576 2 x x x 1 n 59.8 y 581 1 x x x 2 y 52.33 n 581 2 x x x 2 n 5.83 y 606 1 x x x 1 y 58.17 n 606 2 x x x 1 n 2.17 y 610 1 x x x 1 y 14.3 y 610 2 x x x 1 n 48.43 y 615 1 x x x 1 y 25.83 n 615 2 x x x 1 n 25.83 n 618 1 x x x 1 y 45.4 n 618 2 x x x 1 n 45.4 n 624 1 x x x 1 y 47.6 n 624 2 x x x 1 n 47.6 n 631 1 x x x 1 y 13.33 y 631 2 x x x 1 n 9.6 y 636 1 x x x 1 y 42.1 n 636 2 x x x 1 n 42.1 n 645 1 x x x 1 y 39.93 n 645 2 x x x 1 n 39.93 n 653 1 x x x 1 y 14.27 y 653 2 x x x 1 n 7.6 y 662 1 x x x 1 y 34.57 y 662 2 x x x 1 n 1.8 y 664 1 x x x 1 y 65.8 n 664 2 x x x 1 n 4.3 y 683 1 x x x 2 y 4.1 y 683 2 x x x 2 n 12.2 y 687 1 x x x 1 y 60.93 n 687 2 x x x 1 n 60.93 n 701 1 x x x 1 y 57.2 n 701 2 x x x 1 n 57.2 n 706 1 x x x 2 y 38.07 n 706 2 x x x 2 n 12.73 y 717 1 x x x 2 y 54.1 n 717 2 x x x 2 n 54.1 y 722 1 x x x 1 y 59.27 n 722 2 x x x 1 n 9.4 y 731 1 x x x 1 y 21.57 y 731 2 x x x 1 n 9.9 y 740 1 x x x 1 y 54.1 n 740 2 x x x 1 n 54.1 n 749 1 x x x 2 y 50.47 n 749 2 x x x 2 n 50.47 n 757 1 x x x 1 y 46.17 n 757 2 x x x 1 n 46.17 n 760 1 x x x 1 y 46.3 n 760 2 x x x 1 n 46.3 n 766 1 x x x 2 y 38.83 n 766 2 x x x 2 n 38.83 n 769 1 x x x 1 y 44.6 n 769 2 x x x 1 n 44.6 n 772 1 x x x 1 y 43.07 n 772 2 x x x 1 n 43.07 n 778 1 x x x 2 y 26.23 y 778 2 x x x 2 n 40.03 n 780 1 x x x 1 y 41.6 n 780 2 x x x 1 n 18.03 y 793 1 x x x 2 y 38.07 n 793 2 x x x 2 n 38.07 n 800 1 x x x 2 y 65.23 n 800 2 x x x 2 n 65.23 n 804 1 x x x 2 y 7.07 y 804 2 x x x 2 n 66.77 n 810 1 x x x 1 y 13.77 y 810 2 x x x 1 n 13.77 y 815 1 x x x 2 y 9.63 n 815 2 x x x 2 n 9.63 y 832 1 x x x 1 y 46.23 n 832 2 x x x 1 n 46.23 n 834 1 x x x 1 y 45.73 n 834 2 x x x 1 n 1.5 y 838 1 x x x 2 y 33.63 y 838 2 x x x 2 n 33.63 y 857 1 x x x 1 y 40.17 n 857 2 x x x 1 n 40.17 n 866 1 x x x 2 y 63.33 y 866 2 x x x 2 n 27.6 y 887 1 x x x 2 y 38.47 y 887 2 x x x 2 n 1.63 y 903 1 x x x 2 y 55.23 n 903 2 x x x 2 n 55.23 n 910 1 x x x 2 y 52.77 n 910 2 x x x 2 n 25.3 y 920 1 x x x 1 y 57.17 n 920 2 x x x 1 n 46.2 y 925 1 x x x 2 y 9.87 n 925 2 x x x 2 n 1.7 y 931 1 x x x 1 y 57.9 n 931 2 x x x 1 n 57.9 n 936 1 x x x 1 y 5.9 n 936 2 x x x 1 n 5.9 n 945 1 x x x 1 y 32.2 n 945 2 x x x 1 n 32.2 n 949 1 x x x 1 y 10.33 y 949 2 x x x 1 n 0.83 y 952 1 x x x 1 y 6.13 y 952 2 x x x 1 n 50.9 n 962 1 x x x 1 y 43.67 n 962 2 x x x 1 n 25.93 y 964 1 x x x 1 y 38.3 n 964 2 x x x 1 n 38.3 n 971 1 x x x 2 y 38.77 n 971 2 x x x 2 n 19.4 y 978 1 x x x 1 y 38.07 n 978 2 x x x 1 n 21.97 y 983 1 x x x 1 y 38.3 n 983 2 x x x 1 n 38.3 n 987 1 x x x 1 y 26.2 y 987 2 x x x 1 n 70.03 n 1002 1 x x x 1 y 62.57 n 1002 2 x x x 1 n 18.03 y 1017 1 x x x 2 y 13.83 y 1017 2 x x x 2 n 1.57 y 1029 1 x x x 2 y 46.5 n 1029 2 x x x 2 n 13.37 y 1034 1 x x x 1 y 11.07 y 1034 2 x x x 1 n 1.97 y 1037 1 x x x 2 y 42.47 n 1037 2 x x x 2 n 22.2 y 1042 1 x x x 2 y 38.73 n 1042 2 x x x 2 n 38.73 n 1069 1 x x x 2 y 51.13 n 1069 2 x x x 2 n 51.13 n 1074 1 x x x 1 y 6.1 y 1074 2 x x x 1 n 46.5 n 1098 1 x x x 1 y 2.1 y 1098 2 x x x 1 n 11.3 y 1102 1 x x x 1 y 17.73 y 1102 2 x x x 1 n 42.3 n 1112 1 x x x 1 y 26.47 n 1112 2 x x x 1 n 26.47 n 1117 1 x x x 1 y 10.77 n 1117 2 x x x 1 n 10.77 n 1126 1 x x x 2 y 55.33 n 1126 2 x x x 2 n 55.33 n 1135 1 x x x 1 y 58.67 n 1135 2 x x x 1 n 58.67 n 1145 1 x x x 2 y 12.93 y 1145 2 x x x 2 n 4.97 y 1148 1 x x x 2 y 54.2 n 1148 2 x x x 2 n 26.47 y 1167 1 x x x 1 y 49.57 n 1167 2 x x x 1 n 49.57 n 1184 1 x x x 2 y 24.43 y 1184 2 x x x 2 n 9.87 y 1191 1 x x x 2 y 50.23 n 1191 2 x x x 2 n 50.23 n 1205 1 x x x 1 y 13.97 y 1205 2 x x x 1 n 30.4 y 1213 1 x x x 1 y 43.33 n 1213 2 x x x 1 n 43.33 y 1228 1 x x x 2 y 42.23 n 1228 2 x x x 2 n 42.23 n 1247 1 x x x 1 y 74.93 n 1247 2 x x x 1 n 74.93 n 1250 1 x x x 2 y 66.93 n 1250 2 x x x 2 n 66.93 n 1253 1 x x x 1 y 73.43 n 1253 2 x x x 1 n 73.43 n 1267 1 x x x 2 y 67.47 n 1267 2 x x x 2 n 38.57 y 1281 1 x x x 2 y 3.67 n 1281 2 x x x 2 n 3.67 y 1287 1 x x x 1 y 48.87 y 1287 2 x x x 1 n 67.03 n 1293 1 x x x 1 y 65.6 n 1293 2 x x x 1 n 65.6 n 1296 1 x x x 1 y 15.83 n 1296 2 x x x 1 n 15.83 y 1309 1 x x x 2 y 20.07 n 1309 2 x x x 2 n 8.83 y 1312 1 x x x 1 y 67.43 n 1312 2 x x x 1 n 67.43 n 1317 1 x x x 1 y 1.47 n 1317 2 x x x 1 n 1.47 n 1321 1 x x x 1 y 62.93 n 1321 2 x x x 1 n 22.13 y 1333 1 x x x 1 y 6.3 y 1333 2 x x x 1 n 56.97 n 1347 1 x x x 1 y 59.7 n 1347 2 x x x 1 n 18.93 y 1361 1 x x x 1 y 13.8 y 1361 2 x x x 1 n 19 y 1366 1 x x x 2 y 55.13 n 1366 2 x x x 2 n 55.13 n 1373 1 x x x 1 y 13.57 y 1373 2 x x x 1 n 5.43 y 1397 1 x x x 2 y 42.2 n 1397 2 x x x 2 n 42.2 n 1410 1 x x x 2 y 38.27 n 1410 2 x x x 2 n 38.27 n 1413 1 x x x 1 y 7.1 n 1413 2 x x x 1 n 7.1 y 1425 1 x x x 2 y 63.63 n 1425 2 x x x 2 n 26.17 y 1447 1 x x x 1 y 59 n 1447 2 x x x 1 n 24.73 y 1461 1 x x x 2 y 54.37 n 1461 2 x x x 2 n 54.37 n 1469 1 x x x 2 y 54.6 n 1469 2 x x x 2 n 10.97 y 1480 1 x x x 2 y 63.87 n 1480 2 x x x 2 n 21.1 y 1487 1 x x x 2 y 62.37 n 1487 2 x x x 2 n 43.7 y 1491 1 x x x 2 y 62.8 n 1491 2 x x x 2 n 62.8 n 1499 1 x x x 2 y 63.33 n 1499 2 x x x 2 n 14.37 y 1503 1 x x x 2 y 58.53 n 1503 2 x x x 2 n 58.53 n 1513 1 x x x 2 y 58.07 n 1513 2 x x x 2 n 58.07 n 1524 1 x x x 2 y 58.5 n 1524 2 x x x 2 n 58.5 n 1533 1 x x x 2 y 1.5 y 1533 2 x x x 2 n 14.37 n 1537 1 x x x 1 y 54.73 n 1537 2 x x x 1 n 38.4 y 1552 1 x x x 1 y 50.63 n 1552 2 x x x 1 n 2.83 y 1554 1 x x x 2 y 51.1 n 1554 2 x x x 2 n 51.1 n 1562 1 x x x 2 y 49.93 n 1562 2 x x x 2 n 6.57 y 1572 1 x x x 2 y 46.27 n 1572 2 x x x 2 n 46.27 y 1581 1 x x x 2 y 10.6 n 1581 2 x x x 2 n 10.6 n 1585 1 x x x 2 y 42.77 n 1585 2 x x x 2 n 42.77 n 1596 1 x x x 1 y 34.37 y 1596 2 x x x 1 n 42.27 n 1600 1 x x x 1 y 42.07 n 1600 2 x x x 1 n 42.07 n 1603 1 x x x 1 y 38.77 n 1603 2 x x x 1 n 38.77 n 1619 1 x x x 2 y 74.97 n 1619 2 x x x 2 n 61.83 y 1627 1 x x x 1 y 6.57 y 1627 2 x x x 1 n 66.97 n 1636 1 x x x 1 y 38.87 y 1636 2 x x x 1 n 68.3 n 1640 1 x x x 1 y 42.43 y 1640 2 x x x 1 n 46.63 y 1643 1 x x x 1 y 67.07 n 1643 2 x x x 1 n 67.07 n 1649 1 x x x 1 y 2.7 y 1649 2 x x x 1 n 2.7 n 1666 1 x x x 1 y 63.8 n 1666 2 x x x 1 n 63.8 n 1672 1 x x x 1 y 32.63 n 1672 2 x x x 1 n 32.63 n 1683 1 x x x 2 y 62 n 1683 2 x x x 2 n 62 n 1688 1 x x x 1 y 13.1 y 1688 2 x x x 1 n 54.8 n 1705 1 x x x 1 y 8 n 1705 2 x x x 1 n 8 n 1717 1 x x x 2 y 51.6 n 1717 2 x x x 2 n 42.33 y 1727 1 x x x 2 y 49.97 n 1727 2 x x x 2 n 2.9 y 1746 1 x x x 1 y 45.9 n 1746 2 x x x 1 n 1.43 y 1749 1 x x x 2 y 41.93 n 1749 2 x x x 2 n 41.93 n ;;;; run set loc type_rx aff (type_rx=n) if (type2 and treatment) then type_rx=y macro dofpm set chains 4 set iter %1 fpm time nqtl 0 c likelihood weibull censor visualloss \ cov treatment + type2 + type_rx ;;;;